Assessoria de Planejamento, Controle e Responsabilização
Assessoria de Demandas Institucionais
Coordenadoria Geral Executiva (CGEX)
Coordenação de Vigilância em Alimentos (CVA)
Coordenação de Engenharia Sanitária (CES)
Coordenação de Fiscalização Sanitária (CFS)
Coordenadoria de Inspeção Agropecuária (CIA)
Coordenação de Vigilância de Zoonoses (CVZ)
Coordenação de Vigilância de Produtos e Serviços de Interesse à Saúde (CVS)
Gerência de Programas de Educação Sanitária (GES)
Coordenardoria Geral de Inovação, Projetos, Pesquisa e Educação Sanitária (CGIPE)
Coordenadoria Técnica de Avaliação de Tecnologia em Saúde e Insumos Estratégicos (CTATS)